Como encriptar e descriptografar o arquivo no Android?

Usar um CipherOutputStream ou CipherInputStream com um Cipher e o seu FileInputStream / FileOutputStream.

Não se esqueça de usar um Vector de inicialização (IV) gerado por um secure Androide. Note que o SHA-1 é uma função de hash um pouco desatualizada, mas deve estar bem no PBKDF2, e atualmente apresenta a opção mais compatível.

Indique sempre a codificação de caracteres quando codificar/descodificar textos, ou terá problemas quando a codificação da plataforma for diferente da anterior. Por outras palavras, não utilize String.getBytes()String.getBytes(Charset.forName("UTF-8")).

Aviso-te que CipherInputStream maio not report BadPaddingException, isto inclui BadPaddingException gerado para Cifras autenticadas!

Tive um problema semelhante e para encriptar/descriptografar arranjei esta solução:

public static byte[] generateKey(String password) throws Exception
{
    byte[] keyStart = password.getBytes("UTF-8");

    KeyGenerator kgen = KeyGenerator.getInstance("AES");
    SecureRandom sr = SecureRandom.getInstance("SHA1PRNG", "Crypto");
    sr.setSeed(keyStart);
    kgen.init(128, sr);
    SecretKey skey = kgen.generateKey();
    return skey.getEncoded();
}

    public static byte[] encodeFile(byte[] key, byte[] fileData) throws Exception
    {

        SecretKeySpec skeySpec = new SecretKeySpec(key, "AES");
        Cipher cipher = Cipher.getInstance("AES");
        cipher.init(Cipher.ENCRYPT_MODE, skeySpec);

        byte[] encrypted = cipher.doFinal(fileData);

        return encrypted;
    }

    public static byte[] decodeFile(byte[] key, byte[] fileData) throws Exception
    {
        SecretKeySpec skeySpec = new SecretKeySpec(key, "AES");
        Cipher cipher = Cipher.getInstance("AES");
        cipher.init(Cipher.DECRYPT_MODE, skeySpec);

        byte[] decrypted = cipher.doFinal(fileData);

        return decrypted;
    }

Para gravar um ficheiro encriptado para o sd do:

File file = new File(Environment.getExternalStorageDirectory() + File.separator + "your_folder_on_sd", "file_name");
BufferedOutputStream bos = new BufferedOutputStream(new FileOutputStream(file));
byte[] yourKey = generateKey("password");
byte[] filesBytes = encodeFile(yourKey, yourByteArrayContainigDataToEncrypt);
bos.write(fileBytes);
bos.flush();
bos.close();

Para descodificar um ficheiro usar:

byte[] yourKey = generateKey("password");
byte[] decodedData = decodeFile(yourKey, bytesOfYourFile);

Para ler em um arquivo para uma matriz de bytes lá uma maneira diferente lá fora. Um Exemplo: http://examples.javacodegeeks.com/core-java/io/fileinputstream/read-file-in-byte-array-with-fileinputstream/

Use um fluxo de cifras ou Cifras com uma cifra e o seu fluxo de Ficheiros / fluxo de Ficheiros.

private static final String ALGO = "AES";
private static final byte[] keyValue = new byte[] { 'o', 'n', 'e', 'n','e', 't', 'e','d', 'o', 'c', 'e', 'i', 'r', 's', 'r', 'p' };
    public static String decrypt(String encryptedData){
        String decryptedValue = null;
        try{
        Key key = generateKey();
        Cipher c = Cipher.getInstance(ALGO);
        c.init(Cipher.DECRYPT_MODE, key);
        byte[] decordedValue = new BASE64Decoder().decodeBuffer(encryptedData);
        byte[] decValue = c.doFinal(decordedValue);
        decryptedValue = new String(decValue);
    }catch(Exception e){
        //LOGGER.error("In TD:" + e);
        //Teneno_StartupService.loadForConnectionFailed();
    }
    return decryptedValue;
}
private static Key generateKey(){
    Key key = new SecretKeySpec(keyValue, ALGO);
    return key;
}