como-github autenticação de dois factores com o eclipse

Tenho de usar a funcionalidade de autenticação de dois factores do github. Tudo bem. Não consigo compreender como usar isso com o Eclipse. Sempre que envio o meu código ou faço qualquer actividade, a única mensagem que recebo do eclipse é para entrar no repositório, userid e senha. Eu tenho egit também instalado, mas isso não ajuda. A edição chega tanto no Mac como no Windows OS Alguém lá fora sabe como fazer isto?