Como fazer um instalador para a minha aplicação C#?

Se você quer algo que é muito mais simples, vá com Inosetup .

Aqui está como criar um instalador personalizado

[RunInstaller(true)]
public class MyInstaller : Installer
{
    public HelloInstaller()
        : base()
    {
    }

    public override void Commit(IDictionary mySavedState)
    {
        base.Commit(mySavedState);
        System.IO.File.CreateText("Commit.txt");
    }

    public override void Install(IDictionary stateSaver)
    {
        base.Install(stateSaver);
        System.IO.File.CreateText("Install.txt");
    }

    public override void Uninstall(IDictionary savedState)
    {
        base.Uninstall(savedState);
        File.Delete("Commit.txt");
        File.Delete("Install.txt");
    }

    public override void Rollback(IDictionary savedState)
    {
        base.Rollback(savedState);
        File.Delete("Install.txt");
    }
}

Para adicionar um projecto de configuração

• Menu arquivo -> Novo -> Projeto --> Outros Tipos de Projetos --> Instalação e destacamento

• Definir as propriedades do projecto, usando a janela de Propriedades

A artigo Como criar um pacote de configuração usando o Visual Studio. NET fornece os detalhes.