Git no Windows: como é que configura um mergetool?

Tentei msysGit e Git em Cygwin. Ambos funcionam muito bem em si mesmos e tanto gitk e git-gui perfeitamente. Agora, com ... Cygwin, mas de preferência eu gostaria de algo um pouco mais amigável para alguns de nossos colegas amantes de janelas.)

msysGit vs Git para Windows

estou a ter dificuldade em determinar a diferença entre o msysGit e o Git para o Windows. Como é que são diferentes? Porque escolheria um em vez do outro?